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 조선이 임진왜란과 정유재란으로 절망과 탄식으로 가득하던 때 허준은 선조의 명을 받아 '동의보감'을 집성하게 된다. 동의보감의 완성은 정유재란이 끝난 광해 때 이뤄진다.
 
 동의보감은 매우 흥미로운 책이다. 일단 국민의 건강과 보건에 대해 국가적 차원에서 정책적으로 제작한 민간의료서적이라는 것이 특이한 점이다. 또한 동의보감의 우수한 점은 당대의 다양한 의학, 선가, 민간요법을 매우 체계적으로 집대성하였음에도 내용이 어렵지 않게 정리되었다는 것이다.

 동의보감의 또 다른 흥미로운 점은 동의보감에 인용된 상당수의 서적들이 '도가, 선가' 계열의 책이라는 것이다. 조선은 성리학 혹은 유교국가로써 불교나 도가를 배격하였다고 알기 쉬우나 여전히 민간의 몸과 우주에 대한 의식을 지배하는 세계관은 다분히 도가적이었다는 것을 알 수 있다.

 동의보감은 '내경편' '외형편' '잡병편'으로 나뉜다. '내경편'에서는 '정,기,신'에 대한 매우 체계적인 설명이 이뤄지고, 혈과 오장육부를 다룬다. 이를 읽으며 매우 흥미로운 점은 인체의 내부를 이루는 이들 각각의 요소들이 상당히 체계적이고 유기적인 시스템을 형성하여 설명하고 있다는 것이다. 현대 해부생리학과는 다른 의미로 매우 치밀하고 나름의 논리가 작용하고 있다. 그리고 이는 대부분 도가계열의 신선술에서 고대로부터 다뤄지는 개념과 내용들이 상당하다.

동의보감에서 '정,기,신'에 대한 설명은 다음과 같다.

 구선에 이르기를, '정'은 몸의 근본이 되고 '기'는 '신'의 주인이 되며, '형'은 '신'의 집이 된다. 그래서 '신'을 너무 많이 쓰면 정식을 하게 되고 '정'도 또한 과히 쓰면 마르게 되며, '기'도 크게 노하게 되면 끊어지게 되며, 형체의 의탁은 기가 됨으로써 기도 쇠하게 되면 형이 모손하게 된다. 그렇기 때무네 장생할 수 가 없는 것이다. 모든 '있음'은 '없음'에서부터 생기게 되고, '형태'란 '신'의 집이 된다. 안전한 집을 마련하지 않고 편안하게 수신과 양신을 하려고 하니 결국 기는 흩어지게 되고 공허로 돌아가게 되니, 혼이 놀라서 변태되는 것을 면하기 어려울 것이다 .촛불을 쓰게 되면 초가 모두 타서 불이 꺼지게 되는 것이며 제방이 무너지게 되면 물도 흩어지는 이치와 같은 것이다.
 혼은 양이 되고 백은 음이 되니, 신은 기가 아주 맑으면 신도 또한 상쾌하게 되고, 형도 힘을 많이 쓰면 기가 탁하게 되는 것이다. 기를 복하는 사람은 천백이 모두 죽게 되니 형체가 땅에 떨어지게 된다.
 사람이 죽게 되면 혼백이 하늘과 땅에 갈라지고 물과 불로 분사해서 각각 본 곳으로 돌아가게 되니, 살아서 한몸인데 죽으면 서로 떨어져 흩어지고 잠기는 것은 자연의 이치가 된다. 여기에 비유해서 나무의 뿌리 하나를 불태워보면 그 연기는 위로 오르고 재는 밑에 흩어져 잠기는 것도 또한 자연의 이치와 같은 것이다. 그러므로 신명은 생화의 근본이 되고, 정기는 만물의 몸체로써 그 형태를 제대로 한다면 살게 되고 또 정기를 기른다면 생명은 길어지게 된다.

 또한 '기'에 대해서는 이렇게 설명한다.

 동원에 이르기를, 기는 신의 조상이요, 정은 기의 아들이 되니 기란 정신의 근체가 된다.


 여기에서 매우 흥미로운 점은 '정,기,신'을 상호보완적 관계로 보았다는 것이다. 보통 서양의 이원론적 세계에서는 '영혼'이 본질이고 '육체'는 단지 계속 변화하고 소멸하는 담지자의 역할 밖에 안한다. 즉, 영혼과 육체에 일종의 상하관계가 있는 것이다. 하지만 동의보감에서는 '정,기,신' 은 서로가 서로를 이루어 형성되는 것이다. '영혼' 이나 '혼백' 이나 '신'이 존재의 본질이고 영원불멸한 것이 아니라 '정,기,신' 자체가 하나의 하모니를 이루며 끊임없이 순환하고 변화하며 더불어 존재하는 것이다.
 하여 형체와 정기를 잘 붙들면 '신'이 달아나지 않아 육체가 장생할 수도 있다는 인식도 나타나며, 이것이 불로불사를 추구하는 신선사상이 될 수 있는 것이다.

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